GTEx项目成果发布 | Genome Biology

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近日，“基因型-组织表达研究联盟”（Genotype-Tissue Expression Consortium）结束了为期10年的多机构研究工作，在这一试图填补“人类基因组计划”空白的项目中，研究人员对来自838名死亡捐赠者49个组织的15,201份样本进行了RNA测序，并分析了每个捐赠者的全基因组测序数据。

9月11日，GTEx项目最后一期的15项研究成果最终发布，介绍了跨细胞类型和组织的遗传调控变异综合图谱，并分析了这些调控变化如何增加疾病风险和促进疾病特征的发展。

15项成果中有5项由Genome Biology 发表。

GTEx项目成果

Primo: integration of multiple GWAS and omics QTL summary statistics for elucidation of molecular mechanisms of trait-associated SNPs and detection of pleiotropy in complex traits

DOI:10.1186/s13059-020-02125-w

为全面解释已知的性状相关SNP如何影响复杂性状，研究团队提出了一种Primo方法，用于对来自不同细胞条件或研究的系列omics QTL汇总统计数据进行GWAS统计数据的综合分析。Primo方法可研究SNP与复杂和组学特征的关联模式。在含有已知易感位点的基因区域，Primo可进行条件关联分析，以解释连锁不平衡问题。Primo允许进行未知的异质性和样本相关性研究。

sn-spMF: matrix factorization informs tissue-specific genetic regulation of gene expression

DOI:10.1186/s13059-020-02129-6

研究团队开发了一个受约束的矩阵分解模型sn-spMF，以学习组织共享的模式将其应用于GTEx项目的49个人体组织。学习因子（learned factors）可反映具有已知生物学相似性的组织，并识别可能介导组织特异性作用的转录因子。

sn-spMF可在https://github.com/heyuan7676/ts_eQTLs获取。

A vast resource of allelic expression data spanning human tissues

DOI:10.1186/s13059-020-02122-z

研究团队介绍并演示了从GTEx（v8）版本中生成的大量等位基因表达资源的实用性，其中包含15253个样本，覆盖54个人体组织，SNP级别的等位基因总计为4.31亿，单倍型水平的总量为1.53亿。此外，研究团队扩展了phASER工具，允许使用单倍型水平的等位基因数据估算顺式调节变体的效应大小。这是迄今为止最大的等位基因资源，且能够公开提供单倍型水平的等位基因数据。

Impact of admixture and ancestry on eQTL analysis and GWAS colocalization in GTEx

DOI:10.1186/s13059-020-02113-0

研究团队在GTEx（v8）中识别了117个具有高度群体混合个体的子集，并估计了全基因组的局部祖源信息。在七个组织中使用混合样本进行全基因组顺-eQTL定位，并通过祖源信息进行调整。最后，该研究确定了与本地祖先高度相关的一部分eQTL变体。为GTEx(V8)版本中的混合个体提供了本地祖先图，并描述了祖先和混合物对基因表达，eQTL和GWAS共定位的影响。

PTWAS: investigating tissue-relevant causal molecular mechanisms of complex traits using probabilistic TWAS analysis

DOI:10.1186/s13059-020-02026-y

研究团队提出了一种新的计算框架，即概率全转录组关联研究（PTWAS），以研究基因表达与复杂性状之间的因果关系。PTWAS应用工具变量分析的既定原则，利用概率eQTL注释来描述和解决TWAS中出现的独特挑战。PTWAS不仅具有比现有方法更高的功能，而且还提供了新颖的功能来评估因果关系假设，以及评估组织或细胞类型特异性基因对性状的影响。研究团队通过分析来自GTEx（v8）49个组织的eQTL数据和114个复杂性状的GWAS统计数据证明了PTWAS的强大功能。

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创刊20年来，Genome Biology 已经成为该领域中排名最高的开放获取期刊，5年影响因子（5 year IF）从1.45到19.04，累计发文量达6800余篇，篇均引用60余次，累计阅读近3千万次。